2041 год. В результате масштабного прогресса в области кибернетики граждане получили возможность заменять собственные конечности на роботизированные аналоги. Подполковник Мотоко Кусанаги, сотрудница 9-го отдела службы безопасности, занимается расследованием деятельности загадочного хакера, известного под псевдонимом Кукловод.
В ходе операции выясняется, что злоумышленник обладает продвинутыми навыками взлома кибернетических имплантов. Подполковник Кусанаги использует свои улучшенные протезы для противодействия цифровым атакам, пытаясь раскрыть мотивы и личность таинственного преступника, угрожающего безопасности города.